Terminata l'esperienza in Formula 1, Giovanni Lavaggi - soddisfatto per aver conquistato la massima espressione dell'automobilismo sportivo - inizia una nuova sfida.
Nel 1998 diventa parte attiva di un nuovo Team, che disputa il Campionato del Mondo Sport-Prototipi con una Ferrari 333 SP.
Si apre in questo modo un'altra strada per il pilota siciliano: oltre a continuare a gareggiare sui circuiti di tutto il mondo, si occupa anche della direzione tecnica del team.
Nello svolgere questa nuova attività, gli sono di grande aiuto la sua formazione scolastica e la sua precedente esperienza lavorativa.
Giovanni Lavaggi infatti, ha conseguito la laurea in Ingegneria Meccanica al Politecnico di Milano ed ha svolto l'attività di consulente in Direzione Aziendale dal 1986 al 1991.
Il Team, già molto competitivo dal debutto, ottiene la fiducia del team Minardi Formula 1 con il quale inizia una collaborazione volta a formare giovani piloti per un loro debutto in Formula 1.
Nel 1999 arriva la prima vittoria sul tracciato francese di Magny-Cours con lo stesso Giovanni Lavaggi al volante e con il pilota "Minardi" Gaston Mazzacane che l'anno successivo debutterà in F1.
Al suo posto arriva un'altro pilota dell'entourage Minardi: Nicolas Filiberti.
Nella stagione 2000 Giovanni sigla 2 pole positions e ottiene con Nicolas 4 podi nel corso della stagione.
Nella stagione 2001 arriva un'altra prestigiosa vittoria a Monza nelle mitica "1000 km di Monza".
La storia dell'automobilismo sportivo ha mostrato quale straordinario impulso allo sviluppo delle automobili si deve a quei pochi "pionieri" che, all'epoca, progettavano e costruivano con spirito artigianale macchine da corsa, le pilotavano in gara e magari lanciavano versioni stradali di questi bolidi.
Grande fama e successo hanno arriso ad uomini come Bruce McLaren o Jack Brabham, che hanno saputo coniugare le qualità di pilota, di progettista e d'imprenditore.
Da decenni non assistiamo più a simili imprese e Giovanni Lavaggi, sostenuto dallo stesso spirito, passione e determinazione dei suoi predecessori si prepara a dimostrare che anche ai giorni nostri è possibile pilotare in gara una vettura propria nel progetto e nella costruzione.
Realizzando il suo sogno, Giovanni Lavaggi rilancia la figura storica del pilota-costruttore preparandosi a portare in pista la sua "Lavaggi LS1".
La vettura, uno sport prototipo della classe maggiore (LM P1), esordirà nel campionato "Le Mans Series" 2006 pilotata dal suo progettista-costruttore. Nel corso della mitica "1.000 km di Nuerburgring" la macchina viene presentata al pubblico, per disputare l'ultima gara della stagione 2006 a Jarama, il 22 - 24 Settembre.
La Lavaggi LS1 è la prima vettura sport-prototipo progettata e costruita a Monte-Carlo e corre con i colori bianco e rosso del Principato di Monaco.
Dal 2006 al 2009 Giovanni Lavaggi ha partecipato al volante della sua LAVAGGI LS1 a nove 1000Km della Le Mans Series e alla 6h di Vallelunga del 2008, dove ha anche ottenuto la pole position e il giro più veloce in gara.
Attualmente il team sta lavorando alle importanti modifiche necessarie per adeguare la vettura ai nuovi regolamenti LMS per il 2011.